本发明公开了一种高效净化城市污泥重金属的方法，包括如下步骤：（1）以生污泥为材料，添加10-20g/L的S为底物，富集培养氧化硫杆菌；之后以所得的氧化硫杆菌为菌种，添加到另一以生污泥为材料、10-20g/L的S为底物的培养液，进行二次富集培养氧化硫杆菌；富集培养进行至少三次，使该菌液成为高浓度的氧化硫杆菌接种液；（2）待处理的污泥的浓度调为1-5%，用经至少三次培养的带菌接种液接种，接种量为待处理污泥体积的10-15%，添加10-20g/L的S为底物，pH值调为4，温度25-32℃，淋滤培养2-5天。利用本发明的方法，当污泥中超标重金属的含量在农用标准5.0倍范围内时，4天均可去除所有超标重金属，使肥料达到农用标准。