本发明涉及一种农田氮磷面源污染控制与回收利用系统和方法，该系统包括集水设施，吸附单元和蓄水设施，根据农田地表径流和地下径流的路径，从上游到下游依次设置集水设施、吸附单元和蓄水设施。根据农田地表径流和地下径流的路径，依次横向设置集水设施、吸附单元和蓄水设施，当降雨或灌溉时，农田水量盈余，地表径流和地下径流汇于集水设施，集水设施中的水流继续下行，通过吸附单元，氮(N)、磷(P)被吸附，净化后的农田排水进入蓄水设施，多余的排入江河湖泊；农田回灌时，水流反向通过吸附单元，使其中N、P发生脱附作用，随水流进入集水设施，然后重新进入农田，被农作物吸收利用。与现有技术相比，本发明具有污染控制、回收利用、节约施肥成本等优点。