本发明属于环保技术领域，公开了一种处理养殖废水的方法，首先将养殖废水经过固液分离器，进行固液分离，分离的固体用作制备肥料，液体进入净化池，然后投加微生物制剂净化处理。本发明还公开了一种处理养殖废水的微生物制剂。本发明避免了现有技术采用的大量固定设施，具有投资少和运行费用低的特点，并且废水的氨氮、硝基氮以及磷的去除率可达到99%以上。