本发明是一种瓶装小分子团水的制备方法，包括净化过滤、膜过滤、活化管处理、臭氧杀菌和灌装入瓶步骤，所述活化管处理步骤中使用的活化管中装有粉末颗粒状矿物质，其组份的重量百分比为：三氧化二铝70%-85%，二氧化硅12%-20%，二氧化钛1%-5%，稀土元素镓和铌1%-5%，增强剂氧化钾、氧化镁和氧化钙混合物1%-4%；在瓶体上贴有远红外涂层标贴，远红外涂层标贴产生能量波和能量波作用于瓶内水分子团的结构。本发明制得含有5-6个水分子的小分子团水，远红外涂层标贴使小分子团水结构稳定性好，可以瓶装保存12个月，克服了现有技术小分团水不能长期保存和瓶装的技术问题。