本发明公开了一种快速高效玉米线粒体DNA的提取及纯化方法，将玉米外植体分装至预冷的研钵中，按每克样品4mL的比例加入预冷的提取缓冲液A，放入1-2g石英砂，研磨至匀浆；取3个10mL的离心管分别编号为A、B、C，再取3个2mL的离心管分别编号为D、E、F；在提取过程中，采用两种RNA酶RNase A和RNase T₁同时处理，可完全去除RNA的污染。MgCl₂ 具有DNaseI buffer的作用，可替代DNaseI buffer，降低成本。采用本发明的方法，mtDNA的产出率得到明显提高。