本发明公开了一种快速打破南方红豆杉种子休眠的方法。包括：（1）种子外种皮剥离：利用机械破壳，手工剥离外种皮；（2）外植体消毒：依次经70%酒精消毒90s和0.1%氯化汞消毒12min，无菌水冲洗5次后备用；（3）种子预处理：用无菌水密封常温浸种1-5天；（4）分离合子胚；（5）试管苗的离体培养：将种胚接种到试管苗诱导培养基上，可以获得99.9%的种子萌发率。本发明提供了一种简便、快速打破南方红豆杉种子休眠的方法，为获取整齐一致的南方红豆杉种苗打下基础，能节省大量的人力、物力、提高劳动效率。