本发明属于植物生物技术中的植物基因工程技术领域，具体而言，涉及一种发根农杆菌介导的转基因灯盏花毛状根遗传转化的方法。本发明将预培养后的灯盏花无菌苗叶片外植体浸入携带重组质粒的C58C1发根农杆菌菌液中，经侵染、共培养及除菌处理后，将毛状根培养在含潮霉素B(Hyb)的筛选培养基上进行筛选，利用PCR扩增方法进一步鉴定携带目的基因的转基因发根后，液体培养基培养。采用本发明提供的技术方案，可将目的基因导入灯盏花，与聚乙二醇等化学方法的遗传转化相比，减少了原生质体分离和培养的环节；与基因枪等物理方法的遗传转化相比，不需要昂贵的仪器设备，且操作技术简单。