本发明公开了一种模块化组合式处理高难度的有机废水的系统和方法，处理系统包括：初沉池，调节池，强化絮凝池，沉淀分离池，二次絮凝沉淀池，缓冲水池，pH调节池，一级蜂巢式微电解池，絮凝沉淀池，二级蜂巢式微电解池，中间水池，热交换器，微波催化氧化装置，二次催化氧化罐，再氧化过滤管。处理方法利用多级蜂巢式铁碳微电解模块、强化絮凝模块和微波电催化氧化模块相结合的技术方案，本发明具有适用性高，处理效果好，单元模块化的特点，可根据废水的情况自由组合级联，以适应不同的废水处理效果要求及废水水量的要求，运行费用较低，污泥量少，没有二次污染，是一种环境友好行的高难废水处理方法。