本发明公开了一种含有磁性载体的污水处理装置及方法，包括有内设磁性载体的反应器，反应器上设有进水口和出水口，反应器内设至少一个中空的隔板，隔板之间以及隔板与反应器侧壁之间形成反应区，隔板内置可与外界通电的磁性线圈，所述隔板错开排列，所述相邻隔板分别与反应器内的底部和顶部之间错开的形成水流通道，通过改变磁性线圈通电的顺序，所述磁性载体具有在该水流通道中与污水流向一致以及与污水流向相反的状态。本发明与常规含有磁性载体的污水处理反应器不同，由于本专利中磁性载体在反应器为循环流动态，无需后续的磁种分离，降低了固定成本投资，并简化了工艺过程。