本发明公开了一种畜禽粪污磷素高效回收的调控方法。该调控方法包括如下步骤：将畜禽粪污引入微波诱导氧化控制反应槽，加入氧化剂溶液和氧气，微波调控器脉冲式微波作用；将处理后的畜禽粪污上清液引入微波结晶过程控制反应槽，加入镁剂溶液、pH值调控剂，机械搅拌混合液，微波调控器脉冲式微波作用；将反应后的上清液引入沉淀池，采用滗水器溢流出水；将鸟粪石晶泥采用间歇式排泥控制，晶泥采用袋式过滤器回收。本发明方法可提高畜禽粪污磷素回收效能，磷素回收率大于99%；本发明可以实现畜禽粪污中有机形态磷高效快速转化为无机形态磷，有机磷转化率大于99%，转化时间小于60分钟；本发明可以调控鸟粪石结晶介稳区宽度和位置，实现鸟粪石高效结晶造粒。