一种生物滤池高效的自养脱氮方法属于废水自养脱氮领域。步骤为：接种CANON工艺生物膜，通过先厌氧后好氧的启动方式成功启动自养脱氮生物滤池；反应器启动成功后，通过控制进水流量和曝气量，增加反应器的气水比，即曝气量与进水流量之比，不断提高反应器的去除负荷。当反应器的氨氮去除率大于99%时，提高进水流量；当出水亚硝酸盐氮的浓度小于30mg/L时，增大曝气量；最终反应器总氮去除率达到80%～89%，总氮去除负荷达到1.0～3.11kgN·m^-3·d^-1，实现了高效的自养脱氮。本发明解决了全程自养脱氮反应器处理负荷较低的问题，提供了一种生物滤池全程自养脱氮的高效运行方法。