本发明属于废水处理技术领域，涉及一种对含有碳、氮和硫废水进行清除处理的工艺方法，特别是一种去除废水中碳氮硫的方法，包括氧化处理、中和沉淀、硫酸盐还原、产甲烷和序批式反应器深度处理五个工艺步骤，先在废水中加亚铁盐和双氧水混合后氧化还原得一级出水，再加碱混凝沉淀除去有机物得二级出水，然后引入两相厌氧工艺，进行硫酸盐还原处理后再进行产甲烷处理，获得能源甲烷原料，并得四级出水；最后采用序批式反应器对四级出水进行深度处理，按好氧和缺氧两个工序处理后得清化出水；实用性强，操作安全稳定，处理效果好，其化学需氧量、氨氮和硫酸盐的去除率高达95%以上，出水水质达标。