本发明涉及氯代嘧啶，如：4，6-二氯嘧啶和2-氨基-4，6-二氯嘧啶生产过程中废水的处理方法。本发明通过化学方法进行处理，在回收完氯代试剂后，对产品加水进行溶解以及萃取过程中不控制料液pH，之后对分出的酸性水以生石灰或者Ca(OH)₂进行处理，分步回收提纯废水中的有机胺、磷酸盐和氯离子，从而完成对废水的处理。通过本方法，不仅能将废水处理达标，而且降低了三废处理费用。