本发明提供一种去除水源水中抗生素抗性基因的方法，该方法主要通过混凝沉淀-砂滤-O₃接触塔-生物活性碳滤池-高压CO₂消毒-混凝沉淀-反渗透过滤-氯化出水整套工艺对水源中的抗生素抗性基因进行去除，有效地控制抗性基因在环境中的传播，解决了水源水中抗性基因传播对人体健康的危害问题，为人类健康和环境保护提供科学和可靠的技术。