本发明公开了一种酵母废水预处理方法，具体方法为首先将酵母废水原水进行pH值酸性调节，然后进行臭氧曝气处理，最后再将pH值调节至7-8，此后即可进入常规生物处理系统。本发明的预处理方法从根本上解决了常规酵母废水生物处理系统处理效率偏低、停留时间长、出水水质差、色度高等问题，本发明工艺控制简单，可操作性强，可广泛用于酵母废水处理工艺，并适用于已建酵母企业的废水处理设施升级改造。