本发明涉及一种对含沙水流进行处理的泥沙去除系统和方法，包括：位于上游的粗泥沙去除区，粗泥沙去除区的下游设置细泥沙去除区，细泥沙去除区的下游设置二次沉淀区，二次沉淀区连接清水出口；细泥沙沉淀区由上游依次设置水生植物絮凝带、细泥沙沉降带、水力搅动带，所述水生植物絮凝带种植水生植物；所述水力搅动带设置多个阻水物和多个构造物。本发明采用的生物去除细泥沙和水力搅动的设施和方式，在去除粗泥沙之后将细泥沙也予以去除，使水流更加清澈。所述的方法使用生物去泥沙的方式，所述的系统可以利用当地的自然环境和资源，以尽可能保持原生态环境为前提，设置一些人工设施，利用这些水景观对水流中的泥沙进行处理，达到清除泥沙的作用。