本发明提供一种利用合果芋-黑曲霉共生修复体系修复低浓度铀污染水体的方法。通过在铀污染水体中栽培合果芋，并接种黑曲霉孢子悬液，建立合果芋-黑曲霉共生修复体系，利用合果芋对铀的吸附和吸收作用以及黑曲霉对铀的吸附作用，以达到去除水体中铀。本发明使1-5mg/L铀污染水体的铀含量下降80.33％-98.36％，在合适的条件下可以使其铀浓度降至国家排放标准0.05mg/L以下。本方法既具有成本低廉、修复效率高，又具有处理步骤简单、环境风险小等多重特点，具有良好的社会效益和经济效益。