一种在连续流反应器中培养全程自养脱氮颗粒污泥的方法属于废水自养脱氮领域。其步骤为：首先在连续流反应器内接种CANON生物膜，在限氧条件下直接启动全程自养脱氮工艺来培养全程自养脱氮颗粒污泥。首先在低负荷条件下启动全程自养脱氮颗粒污泥工艺，随着接种污泥对连续流反应器内的反应条件不断适应，连续流反应器的处理能力不断提高。接下来进入高负荷培养阶段，采用保持进水氨氮浓度不变、缩短水力停留时间的方式来提高进水负荷，继续培养颗粒污泥。由于连续流反应器内存在着较强的水流剪切力，促进了全程自养脱氮污泥的颗粒化进程，在连续流反应器内形成的颗粒污泥结构更加稳定。