一种深型地下土壤渗滤系统处理污水装置的运行方法：该装置的一端上部设有进水管，该装置的另一端底部设有出水管；该装置自上而下地填充有不同粒径的土壤填料，上层和下层的土壤填料的粒径为0.10-0.30mm，中层土壤填料的粒径为0.08-0.1mm；上层和下层土壤填料分别占装置总深度的1/4，中层占装置总深度的1/2，其运行方法为：需要处理的污水通过进水管进入装置中，在重力作用下，净化过的污水通过出水管排出，进水为间歇性进水，两次进水间隔不小于1小时。本发明具有脱氮效率高，运行效果稳定、不影响地面景观，运行成本低，管理维护简单等特点，可应用于市政污水、农村集中式及分散式生活污水处理等。