本发明涉及一种模块化船舶压载水处理系统，包括主机柜、配电柜、控制柜、过滤器控制箱、检测柜、过滤器、EUT电催化装置、EUT电源、电磁流量计、阀门、远程控制柜，控制柜与远程控制单元连接；主机柜设置竖隔板，过滤器控制箱、过滤器、阀门在竖隔板一边，并从上至下安装在主机柜内；配电柜、控制柜、检测柜依次安装在竖隔板另一边的上部，EUT电源安装在检测柜下方，EUT电催化装置连接电磁流量计，两者安装于配电柜下部的主机柜底板上；EUT电催化装置与过滤器进口采取立式U型管道连接。本发明模块化设计布局合理、结构紧凑体积小、安装方便、集成度和自动化程度高、耗能低，有利于节约船舱空间和节能降耗。