本发明公开了一种对厌氧氨氧化运行过程进行优化的方法。设置一种装置，包括进水池、厌氧氨氧化反应器、pH调节槽、温控装置和集气装置，厌氧氨氧化反应器为主体，温控装置通过保温水控制厌氧氨氧化反应器的温度，集气装置用来收集集气，开启装置，进水泵控制进水从进水池流入厌氧氨氧化反应器的底部，进水经过处理后，一部分直接外排为出水，另一部分进入pH调节槽经pH调节之后作为循环液，通过循环泵控制循环液从厌氧氨氧化反应器上部经过pH调节槽再流入厌氧氨氧化反应器底部，上述过程重复进行30~50天，即完成对厌氧氨氧化运行过程的优化。本发明方法能有效控制厌氧氨氧化反应器中温室气体一氧化二氮的发生量，减少二次污染，同时具有操作方便的优点。