本发明涉及一种色氨酸-聚丙烯酰胺复合絮凝剂及其使用方法。该絮凝剂是由色氨酸和聚丙烯酰胺复配而成，其重量配比m(氨基酸)/m(聚丙烯酰胺)不大于8，最佳配比为1/2，投加时控制絮凝剂在体系中的浓度为5～40mg/L，最佳浓度为5mg/L。本发明絮凝剂综合了色氨酸的疏水吸引作用和聚丙烯酰胺的架桥吸引作用，可有效促进重金属废水处理过程中非生物颗粒污泥的形成。所得非生物颗粒污泥的沉降速度最高可达到4.6cm/s，远大于一般的颗粒污泥。使用该絮凝剂克服了重金属废水处理过程中固液分离难的问题，并显著降低了有机合成高分子絮凝剂的用量，更加绿色环保。