本发明公开了一种酸性矿山废水污染湖库水体的原位生态修复方法，本发明采用表层植物浮床结合底层污泥微生物缓冲处理的方式对AMD污染湖库水体进行生态修复处理，采用常规二级城镇污水处理产生的剩余污泥添加到污染湖库中，即可自行优选出净化AMD的优势微生物类群，克服了专门处理微生物的保存、活化、接种、培养等的复杂困难环节，同时资源化剩余污泥，提供前期的养分载体，缓冲AMD酸性；表层香蒲植物浮床通过自身生长的分泌产物或凋落物，持续为底层微生物生长提供碳氮等养分与能源，形成自行维持的生态净化系统，克服了外源碳氮等养分的持续添加，极大的节约了成本。