本发明涉及一种粪肠球菌的复配增效方法及其应用。所述一种粪肠球菌的复配增效方法主要包括微生物菌种复配、活菌繁殖促进剂复配等。发明中所述的微生物菌种主要由粪肠球菌、屎肠球菌、嗜酸链球菌、酵母菌中的一种或多种混合组成；所述活菌繁殖促进剂主要由木糖醇、乳糖、低聚果糖、低聚木糖、壳聚糖、酵母粉、叶酸、柠檬酸中的一种或多种混合而成。本发明菌株复配增效方法实现了不同微生物菌株间协同作用，加速了对水体污染物的净化过程，促进养殖生态系统的物流及能流的平衡。在水产养殖过程中使用本品，可以有效平衡水体菌相和藻相，快速分解残饵、粪便、动物尸体等污染物，改善养殖水体水质，增加养殖水体稳定性，防止养殖水体老化。