本发明提供高氨氮高有机物废水深度脱氮处理系统的控制方法及装置。装置中的原水调节池依次与ASBR反应器、中间调节池以及SBR反应器相连通，ASBR反应器与储气罐相连通，SBR反应器与空气压缩机相连通。方法步骤：将高氨氮高有机物废水送至ASBR反应器，在保持其恒温的同时进行机械搅拌；将ASBR反应器处理后的出水与原水调节池中的原水混合后注入中间水池；将碳氮比为4:1到6:1之间的高氨氮高有机物废水从中间池送至SBR反应器先进行内碳源贮存过程，后进行硝化与反硝化处理；在硝化结束后，进行缺氧搅拌，直至内源反硝化结束；反应结束后，停止搅拌，进行泥水分离，最后排水。本发明解决在处理高氨氮高有机物废水脱氮过程中碳源利用率低及脱氮效率低的问题。