本发明公开了黑果枸杞遗传转化体系建立的方法及其应用。本发明所提供的黑果枸杞遗传转化体系建立的方法，包括如下步骤：(1)将含有目的DNA的质粒导入农杆菌得到重组农杆菌；(2)培养重组农杆菌用作转化侵染液；(3)用侵染液浸泡黑果枸杞外植体；(4)将外植体放置于共培养培养基共培养；(5)将共培养后的外植体转移至愈伤组织诱导及筛选培养基上培养，并去除农杆菌；(6)以卡那霉素作为筛选压力，诱导抗性愈伤组织；(7)将抗性愈伤组织转入分化培养基培养，得到丛生芽；(8)诱导生根，即得到黑果枸杞抗性再生苗，抗性苗经PCR鉴定为阳性转基因苗。本发明所提供的黑果枸杞的遗传转化方法，操作简单易行，愈伤组织存活率高。