本发明公开了一种利用调节异黄酮生物合成提高大豆遗传转化效率的方法，其特征在于包括以下步骤：①种子的消毒、②种子的萌发培养、③外植体制备、④固体共培养基的制备、⑤农杆菌侵染液的制备、⑥农杆菌侵染和共培养、⑦芽诱导和抗性植株的获得。本发明在农杆菌介导大豆子叶节外植体的侵染过程中，在外植体与农杆菌的共培养期的固体培养基中添加苯丙氨酸解氨酶PAL活性的抑制剂，抑制大豆异黄酮合成的关键酶PAL，减少大豆异黄酮类次生代谢产物的合成和积累，从而降低大豆外植体的“免疫力”，提高农杆菌的被侵染力，通过改善这种植物/农杆菌互作关系大大提高了大豆抗性植株的数量和遗传转化效率。