本发明公开了表面活性剂与超声波协同提高大豆遗传转化效率的方法及其应用。该方法是根癌农杆菌介导的大豆子叶节遗传转化方法，它包括用含有目的DNA的重组根癌农杆菌侵染大豆子叶节外植体得到侵染后的外植体，共培养所述侵染后的外植体，得到共培养后的外植体，完成转化，其中，所述用含有目的DNA的重组根癌农杆菌侵染大豆子叶节外植体得到侵染后的外植体为将所述大豆子叶节外植体置于含有所述重组根癌农杆菌的侵染液中进行超声处理后再进行侵染培养得到侵染后的外植体，所述侵染液含有表面活性剂；所述大豆子叶节外植体的子叶节处不制作划痕。该方法可用于转基因大豆新品种培育及基因功能挖掘、鉴定。