本发明涉及植物快速繁殖技术领域，旨在提供一种以花梗为外植体建立百合胚性愈伤再生体系的方法。该种方法包括步骤：材料采取、愈伤诱导培养基配置、外植体接种及愈伤组织诱导、小植株再生、小植株的继代培养、小植株的出瓶种植。本发明突出具有污染率低、愈伤诱导率高、愈伤团块大、愈伤胚性好、再生能力强、增殖率高的特点，特别对于本发明以花梗为外植体，污染率可降低为0，可获得高达100%的愈伤诱导率，愈伤团块再生率达100%，胚性高，每段1cm花梗外植体可获得60-80株小植株。