本发明公开了一种旋流集污式蛋白质分离器，包括外壳以及位于所述外壳外侧的供水装置、泡沫收集装置和臭氧发生装置，所述外壳的内侧顶部设有泡沫堆积区域，所述外壳的内侧还设有位于所述泡沫堆积区域下方的旋流集污仓，所述供水装置通过供水管道穿过所述外壳连接至所述旋流集污仓的上端，所述旋流集污仓的下端连接有穿伸出所述外壳外侧的排污管道，所述旋流集污仓还设有连通至所述外壳内腔的排水口，所述泡沫收集装置通过收集管道连接至所述泡沫堆积区域，所述臭氧发生装置连接有伸入所述外壳内的输气管道，所述外壳还设有出水口。本发明的旋流集污式蛋白质分离器的分离效率高。