本发明属于工业水处理技术领域，具体涉及利用微生物胞外碳酸酐酶去除碳酸钙垢的方法。本发明要解决的技术问题是提供一种缓解工业循环水系统结生碳酸盐垢现象的方法。该方法能减少含磷废水排入环境水体。本发明的技术方案是利用微生物胞外碳酸酐酶去除碳酸钙垢的方法，包括如下步骤：1)制备分泌胞外碳酸酐酶的芽孢杆菌属细菌菌剂；2)冷冻离心，盐析粗提取出含碳酸酐酶的粗酶液；3)将粗酶液加入到生了碳酸盐水垢的工业循环水中。本发明方法可用于去除工业循环水系统中的碳酸钙垢，成本低，不污染环境。