本发明公开了一种FCC催化剂废水的脱氮方法，包括如下内容：向污水中投加硝化细菌和亚硝酸型脱氮菌剂，含氨氮污水处理温度为18-40℃，溶解氧为0.2~3mg/L，pH为7.5-8.5。本发明方法采用自养细菌和异养菌进行优势组合作为废水处理的强化微生物，并采取不同的投放方式，能实现同一反应器内氨氮、总氮和CODcr的脱除，废水处理效果好，与高效装置相结合，真正实现催化剂含氨废水的短程硝化反硝化或同步硝化反硝化脱氮，实现废水中氨氮等污染物的达标排放。