本发明公开了一株具有溶藻活性的芽孢杆菌及其在控制蓝藻水华中的应用。从太湖水体中分离获得了一株具有显著溶藻活性的芽孢杆菌(Bacillus sp.)Lzh-5，保藏号为CGMCC No.8282，并且从其代谢产物中分离纯化并鉴定出其有效溶藻成分六氢吡咯并[1,2-a]吡嗪-1,4-二酮和3-异丙基-六氢吡咯并[1,2-a]吡嗪-1,4-二酮，其中六氢吡咯并[1,2-a]吡嗪-1,4-二酮和3-异丙基-六氢吡咯并[1,2-a]吡嗪-1,4-二酮对铜绿微囊藻9110的半致死量LD50分别为5.7μg/mL和19.4μg/mL。可用于新型生物杀藻剂的研发和生产，最终应用于湖泊蓝藻水华的控制。