本发明公开了一种石蒜属植物外植体的消毒方法，该方法包括：从石蒜属植物果实中取出种子，将所述种子表面消毒后置于温水中浸泡，吸胀后取出，再置于升汞中进行涡旋振荡离心处理，处理完成后漂洗干净，获得无菌外植体。本发明将石蒜属植物种子进行温水浸泡后，使种子充分吸水吸胀，再置于升汞中进行短时涡旋振荡，使升汞充分渗入种子中，不仅能够实现充分杀菌，降低石蒜属植物种子的污染率，使污染率控制在5.0％左右，而且能够保持种子的活力，获得较高的种子萌发率。