本发明公开了一种开放水体生态净化修复方法，包括以下步骤：(1)在水体流动路径的上游上设置多级沉淀池；(2)微生物培养和配比；(3)将培养好的好氧细菌菌液间歇投放于初级沉淀池中，将培养好的厌氧细菌菌液间歇投放于次级沉淀池中；(4)在次级沉淀池的下游设置光催化池；(5)在光催化池的下游设置微生物接触氧化溢流反应区；(6)微生物接触氧化溢流反应区溢流出的水体进入完全生态的动植物净化区。本发明采用多级沉淀过滤、光催化、微生物降解和植物净化相结合的方法来处理复合污染的水体，提出优化的菌种配比和有机会催化分解的方案，有效地提高了有机物的分解效率和彻底性，实现了复合污染的多级综合有效处理。