本发明公开一种细菌-翅碱蓬互生载体修复镉或/和铜污染海水的方法，将根际J2菌至少10⁴cfu/g、苗高至少为10cm的翅碱蓬栽种至镉或/和铜污染的海水滩涂，所述栽种是将滩涂底质翻整30cm深，然后挖深5cm、底宽15cm的沟槽，沟间距20cm，翅碱蓬苗距25～30cm。在细菌-翅碱蓬自然生长的过程中达到修复重金属镉或/和铜污染海水的目的，其修复效果明显高于翅碱蓬单独作用的效果。