本发明公开了一种城市近郊富营养化水体的污染控制方法，该方法以富营养化水体为生活饮用水水源，并将原有水源作为富营养化水体的补水；对原自来水厂净水工艺进行改进，使富营养化水体经过净化后作为城市饮用水使用，并通过自来水厂给水收费的形式将污染治理费用落实到排污主体或消费者身上。该方法改变了传统水污染控制观念，通过水污染治理的责任主体与排污主体的有机耦合，实现水资源的循环利用，同时该方法能够缩短富营养化水体换水周期，且补水水质优良，有助于加快稀释污染水体中营养物的浓度，最终实现富营养化水体的污染控制。