本发明公开了赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus sp.）FS1在染料脱色方面的应用。所述赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus sp.）FS1保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC NO：M2013561。本发明所述菌株生长迅速，环境适应性强，具有广谱的染料降解能力，对多种染料都具有很好的脱色效果，培养10h即能达到最大脱色率，脱色率可达90%以上，最大脱色浓度达5000mg/L。将本发明菌株应用于印染废水以及相关的染料废水脱色处理，能有效避免难于自然降解的染料分子直接进入水体导致的环境污染，且无二次污染，具有良好的生态效率和应用前景。本发明首次将赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus sp.）应用于染料降解，填补了国内技术空白，为解决染料污水处理尤其是脱色问题提供有力的技术基础。