本发明公开了一种高含盐有机废水的超临界水氧化处理系统，通过液氧的冷能将高盐废水进行冷却结晶，降低废水中无机盐的质量浓度。在超临界水条件下利用水力旋流器脱除废水中析出的大量固体盐颗粒，有效防止水力旋流器后续管路及反应器的堵塞。通过在水力旋流器下部设置脱盐装置可连续将无机盐从系统脱除。此外，通过分离回收部分，回收过量的氧气和CO2产物气体；通过设置简单的后续处理单元，降低超临界水氧化反应时间和反应温度；通过设置软化水装置，系统以蒸汽的形式回收反应后高温流体的热量；有效降低了系统的运行成本。本发明系统可以广泛应用于高含盐有机废水的无害化处理过程。