本发明涉及一种农村污水集中处理系统，包括均化池、上流式厌氧反应器、多层好氧活动滤塔、作物湿地系统和沼气收集利用系统，均化池设于地下，上流式厌氧反应器、多层好氧活动滤塔和作物湿地系统的高度递减；均化池通过污水管连通各污水排放口，均化池通过污水管连通上流式厌氧反应器、且之间设有水泵，上流式厌氧反应器通过污水管连通多层好氧活动滤塔，多层好氧活动滤塔通过污水管通往作物湿地系统；上流式厌氧反应器和多层好氧活动滤塔通过污泥管通往作物湿地系统；上流式厌氧反应器通过沼气管连通沼气收集利用系统。本发明既节能环保，又增加农林业产值；结构简单、安装操作方便，能减轻农民负担，减少占地，解决了农村污水的污染问题。