本发明所公开的是一种生物发酵固定床反应器及其固定床载体的清洗方法。所述反应器以其包括底部相互贯通的至少2个反应罐，在反应罐内设有固定床载体和固体物沉淀空间，在所述反应罐罐体的相应部位分别设有进料口、液体物出口、出气口和出渣口为主要特征；而其所述载体的清洗方法，以其包括在两个相应对的反应罐内形成内部压力差，和迅速释放压力差两个步骤，且两个步骤可以是依次一步进行或者是依次多步进行为主要特征。本发明所述反应器具有结构合理，适用含固率高的物料处理，操控方便，处理稳定和工作效率高等特点，而其所述清洗方法，具有方法简便，清洗效果好，能源消耗低等特点。本发明特别适合生活污水和工业污水的厌氧发酵处理，同时也适用于酿酒和生化制品等工业生产领域。