本发明提供了一种螺旋藻废水零排放处理系统，其特征在于，该系统包括一般废水处理子系统(1)、高盐碱废水处理子系统(2)、水泵和阀门；所述一般废水处理子系统(1)包括通过管道依次连接的气浮池(3)、重力式无阀滤池(4)和消毒池(5)；所述高盐碱废水处理子系统(2)包括通过管道依次连接的粗滤装置(6)、厌氧调节池(7)、所述气浮池(3)、所述重力式无阀滤池(4)、生物接触氧化池(8)、沉淀池(9)、高效纤维过滤器(10)和所述消毒池(5)；所述阀门使所述一般废水处理子系统(1)和所述高盐碱废水处理子系统(2)分别在不同时间内独立工作。本发明还提供了一种螺旋藻废水零排放处理方法。