一种脱除铁炭微电解反应器中填料表层磷酸铁和磷酸亚铁钝化膜的方法，工艺步骤如下：（1）向发生填料板结的铁炭微电解反应器的反应池中加入厌氧污泥或好氧污泥及为微生物生长代谢提供营养物质的污水或自配水，并在所述铁炭微电解反应器的反应池中停置至少30min；（2）当步骤（1）所述停置时间届满后，向所述反应池中连续通入所述污水或自配水，与此同时使反应池中的混合液连续排出，按上述方式连续运行，直至铁炭微电解反应器的反应池中填料表层的磷酸铁和磷酸亚铁钝化膜完全分解为止，所述污水或自配水在反应池中的水力停留时间为4～10h。