本发明公开了一种恶臭假单胞菌，保藏名称为：恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)CT2025，保藏单位：中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏地址：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，中国科学院微生物研究所；保藏日期：2012年02月17日，保藏号：CGMCC NO.5767。本发明还同时公开了一种含咖啡碱废水的无害化处理方法：在每100吨的含咖啡碱废水中接种入0.8～1.2kg的恶臭假单胞菌，在以下任意一个废水处理的阶段介入应用：在厌氧发酵之后的需氧处理阶段应用，在废水需氧处理结束后应用。