本发明公开了红藻无菌外植体的制备方法，将红藻用无菌过滤海水清洗干净后，将江蓠、蜈蚣藻、石花菜、凝花菜、龙须菜、角叉菜、鹿角菜中的任意一种浸泡于1%-5%的碘化钾溶液中浸泡1-4min，用无菌过滤海水清洗干净；再将红藻置于1%-5%的聚维酮碘溶液中浸泡2-8min，然后用无菌过滤海水清洗干净；最后将海藻置于1%-3%的次氯酸钠溶液中浸泡1-5min，无菌过滤海水清洗干净后即可获得无菌的红藻外植体。本发明以碘化钾、聚维酮碘和次氯酸钠酸钠为消毒剂，配合使用，可以有效的杀死红藻外植体表面的细菌和微生物且不损害植株的生长，可以获得80%无菌可行的外植体。