本发明公开了一种脱氮除磷菌种在线提取培养及驯化的污水处理方法。本发明脱氮除磷菌种的提取培养、驯化及投加过程均在线实时完成，中途无需进行任何冷冻保存及运输，改变了传统技术在实验室培养菌种、长距离冷藏运输、使用时再激活的繁琐操作，大大降低了能耗和处理成本，并最大程度的保持菌种的活性及针对性。进一步的，本发明采用特殊填料，并优化填料比例、菌种投加方式等影响因子，在填料表面迅速培养有益的脱氮微生物菌群，形成种群优势，提高菌种母液的活性和敏感性，提高抗冲击的能力和污水处理能力。本发明投入低，污水处理周期短，效益好，COD、TN、TP去除率高。