本发明公开了一种用于处理有机氟废水的生物电化学反应器及有机氟废水的处理方法，生物电化学反应器包括床体，还包括：竖直设置于床体内将床体分隔为阴极室和阳极室的隔板；连通所述阴极室底部和阳极室底部的导管；设于所述阴极室内的生物阴极；设于所述阳极室内的生物阳极；连接所述生物阴极和生物阳极的电源；设置在所述阴极室上的进水口及设置在所述阳极室上的出水口。本发明同时利用了阴阳极电极微生物的催化作用，对有机氟废水进行两级处理，提高有机氟废水处理效率的同时降低有机氟废水整体的处理成本，克服有机氟废水难生物降解的难点。