本发明公开了一种处理高盐废水的厌氧氨氧化反应器运行方法，包括两个步骤：盐度快速驯化和厌氧氨氧化颗粒污泥投加，连续三天出水亚硝氮浓度偏差小于10%或当天出水亚硝氮浓度小于10mg·L^-1，向进水中添加NaCl以提升进水的盐度，将完成盐度快速驯化后的反应器继续运行，当反应器出水连续三天亚硝氮浓度在100mg·L^-1之上时，向厌氧氨氧化反应器内间歇投加厌氧氨氧化颗粒污泥，实现缓解高盐度对厌氧氨氧化菌的抑制；本发明通过盐度快速驯化可以快速提升厌氧氨氧化系统对盐度的耐受性，通过厌氧氨氧化颗粒污泥投加，可有效缓解高盐度对厌氧氨氧化菌的抑制，增加高盐度环境下厌氧氨氧化反应器稳定性，提高反应器运行性能。