本发明公开了一种应用于河流生态系统控制水体污染的方法，采用生物膜法和物理吸附法相结合的组合方法的方法对水体污染进行控制，所述组合方法通过同一个装置实现。所述用于该方法的装置由生物接触氧化处理装置和物理吸附处理装置组合而成。本发明的优点在于将挂膜成功的陶粒装入网袋制成生物接触氧化处理装置，其能够在气候较为温暖的季节起到良好的净化水体的作用；在气温较低的秋冬季，使用其中的物理吸附处理装置来吸附去除水体中的氨氮及磷将能有效的控制水体污染，可适用于全年自然条件下使用，而且原料易得，不产生二次污染，成本更为经济，更便于推广使用。