本发明公开了一种特种分子筛合成母液的综合处理方法，所述特种分子筛合成母液为含硅酸根与季胺碱类模板剂的母液，将特种分子筛合成母液用孔径0.1-1.2μm的管式陶瓷膜进行初过滤，加酸调pH值为7～8，用吊袋式离心机进行第一次过滤，所得滤液调pH值为5～6，搅拌、絮凝，用吊袋式离心机进行第二次过滤，得到滤液静置后，用孔径为10-50nm的管式陶瓷膜进行精密过滤，得到滤液用双极膜电渗析系统处理，分别制得与母液废水中含有的季铵碱类模板剂相对应的季铵碱纯品的水溶液和硫酸溶液。本发明可有效解决特种分子筛合成母液排放所带来的氨氮污染问题，在回收母液中有用硅源的同时，获得高品质的四丙基氢氧化铵等季胺碱模板剂。